Ο Ζαχαρίας Παπαντωνίου γεννήθηκε στο Καρπενήσι, γιος του δασκάλου Λάμπρου Παπαντωνίου και της Ελένης Ηλιόκαυτου από το Καρπενήσι. Είχε τρία αδέλφια, το Χαρίλαο, το Θανάση και τη Σοφία. Στο Καρπενήσι έμαθε τα πρώτα γράμματα και το 1890 εγκαταστάθηκε με την οικογένειά του στην Αθήνα, όπου τέλειωσε το Γυμνάσιο, πήρε μαθήματα ζωγραφικής και γράφτηκε στην Ιατρική σχολή του Πανεπιστημίου, χωρίς να αποφοιτήσει.
