Ο Αλέξανδρος Μωραϊτίδης γεννήθηκε στη Σκιάθο, πρωτότοκος γιος ανάμεσα σε επτά αδέρφια. Ο πατέρας του, ξάδερφος της μητέρας του Αλεξάνδρου Παπαδιαμάντη, καταγόταν από αρχοντική οικογένεια του Μυστρά και η μητέρα του από ιερατική οικογένεια της Σκιάθου. Στη Σκιάθο τέλειωσε το δημοτικό σχολείο και το 1871 αποφοίτησε από το Βαρβάκειο γυμνάσιο στην Αθήνα σε ηλικία εικοσιενός ετών.